Čím dál více paranoidní Henry Ford se po roce 1942 „obával, že vojenský personál ve Willow Run tvořili ve skutečnosti špehové poslaní prezidentem Rooseveltem, aby jej zavraždili, a tak si začal pod kapotovou přepážku ve svém voze schovávat automatickou pistoli,“ jak podotkl historik J. Flink. Když Roosevelt osobně přijel, aby továrnu ve Willow Run slavnostně otevřel, pokoušel se Ford před prezidentem schovat, ale nakonec byl mezi uvítací výbor dotlačen i přes své protesty.
Není překvapením, že se americká armáda, rozčilená Fordovým věčným vměšováním se do produkce bombardérů, brzy obrátila na federální vládu a naléhala na ni, aby převzala nad automobilkou kontrolu. Poslední kapkou se pak stalo Fordovo prohlášení, že má v úmyslu ustanovit svým výhradním nástupcem všeobecně nenáviděného Harryho Bennetta. To už však bylo moc na vdovu po Edselu Fordovi Eleanor, kterou navíc podpořila i Henryho nezdolná manželka Clara: obě dámy začaly Henrymu vyhrožovat, že pokud nerezignuje, ihned prodají všechny své firemní podíly, čímž by ukončily desetiletí rodinné vlády nad slavnou automobilkou. Starý tyran byl tedy donucen k důchodu a neochotně svolil k tomu, aby byl Edselův šestadvacetiletý syn Henry II. odvolán z výcviku u námořnictva a byla mu dána funkce mezi vysokým managementem automobilky s tím, že převezme post prezidenta společnosti v roce 1945. Henry II. tímto plánem nadšen nebyl, neboť doufal, že bude převelen do Pacifiku, ovšem rodina jej přesvědčila, aby prozatím spolupracoval.
Jak by se dalo předpokládat, zakladatel Fordu byl rozhodnut nedat svou kůži lacino. Mezi lety 1943 až 1945, kdy federální vláda zvažovala převzetí nevalně řízené továrny Willow Run, začal Henry Ford vůči vlastnímu vnukovi vykazovat neracionální nedůvěru a současně s tím dovolil Harrymu Bennettovi, aby zesílil stisk na krku celé firmy. Bennettovi bylo dokonce povoleno vypudit z firmy dlouholetého šéfa výroby Charlese Sorensona (tentokrát mu v tom pomohla i Clara Fordová, která se obávala, že se Sorenson snaží přisvojit si jejího vnuka). Henry Ford se též pokusil ustanovit radu správců majetku, jíž by vládl Bennett jakožto tajemník rady, která by po jeho smrti řídila společnost, „dokud Henry II. a ostatní vnoučata nedorostou do věku, kdy budou schopni sami firmu řídit“. Tento plán však naštěstí Henry II. brzy odhalil a přinutil Bennetta, aby z něj ustoupil. (Bennett později při rozhovoru s hlavním právníkem Fordu přiznal, že dokument zakládající onu radu pozbyl platnosti právního dokumentu, neboť jej „pan Ford nosil hodně dlouho v kapse a načmáral na něj kde co, včetně úryvků z Bible“.)
Jak pokračoval souboj mezi Henrym II. a Bennettem o kontrolu automobilky, zjišťoval šéf „oddělení služeb“, že se může čím dál méně spolehnout na podporu zakladatele firmy. Henry Ford totiž tou dobou většinu svých dní trávil neproniknutelným blouzněním. Když 20. září 1945 v jedné z mála jasných chvilek svému vnukovi formálně sdělil, že po něm konečně může převzít post prezidenta Ford Motor Company, svolil k tomu Henry II. pod podmínkou, že bude mít „zcela volnou ruku v tom udělat jakékoliv změny si zamane“. Zcela nepřekvapivě bylo prvním výkonným činem mladého Henryho to, že vyrazil dveře s Harrym Bennettem. Starý pan Ford na tuto zprávu reagoval zvoláním: „No vida, tak je Harry zase tam, kde začínal!“
Henry Ford chátral jak na mysli, tak i na těle. Od roku 1938 utrpěl sérii mrtvic a čím dál více času trávil uzavřený do sebe a zamlklý. V době, kdy byl o něco pozornější, se u něj projevovalo vzrůstající zanícení pro reinkarnaci a začal prohlašovat, že jeho syn Edsel ve skutečnosti nezemřel. Při vzácných příležitostech, kdy byl prováděn po továrnách Fordu, ovšem Henry vypadal, jako by vůbec nevěděl, co se tam odehrává. („Co to tady všichni ti lidé dělají?“ zeptal se jednou při návštěvě strojírenského oddělení v továrně Rouge.) Večer 6. dubna 1947 třiaosmdesátiletý Henry Ford pronesl své poslední rozeznatelná slova, a to směrem k služebné v jeho sídle Fair Lane: „Dneska se mi bude spát dobře. Jdeme do postele brzy.“ Po pár hodinách ovšem bylo jasné, že se mu ve skutečnosti spí povážlivě špatně, a tak Clara Fordová poslala pro doktora. Když však lékařská pomoc dorazila, byl již Henry mrtev.
