Alex se narodil 23. října 1966 v Bologni a závodit začal ve třinácti letech v motokárách. V letech 1988-90 závodil v italském mistrovství F3 a v roce 1991 se přesunul do Formule 3000, kde za tým Barone Rampante vyhrál hned svůj první závod. V sezoně přidal ještě další dvě výhry a získal celkové druhé místo.
Skvělými výsledky v F3 si ještě v téže sezoně vysloužil start ve třech závodech F1 za Jordan. V roce 1992 jel několik závodů za Minardi a v následujícím roce po testování u Benettonu nakonec podepsal s Lotusem. V Brazílii získal svůj první bod, při nehodě během tréninku na Velkou Cenu Belgie ve Spa-Francorchamps však utrpěl otřes mozku, zmeškal start příští sezony a vrátil se až na závod ve Španělsku. Lotus byl však pomalý a nespolehlivý a Alex s ním ve zbytku roku nezískal ani bod.
V roce 1995 se přesunul do USA a podepsal s týmem Chip Ganassi Racing. Zanardi se hned ve své první sezoně stal nováčkem roku, když si připsal tři vítězství a na konci sezony mu patřil bronz.
V sezoně 1997 již patřil mezi favority. Očekávání beze zbytku naplnil pěti vítězstvími, šesti rekordními koly a čtyřmi pole position a získal svůj první titul v CART. Ten obhájil hned v následující sezoně, kdy si připsal fantastických sedm výher a pět druhých míst. Honda dokonce na jeho počest představila speciální Alex Zanardi Edition jednapadasáti aut Acura NSX, z nichž jedno dostal sám Zanardi, zbylá byla nabídnuta na prodej veřejnosti.
V roce 1999 se Alex vrátil do Formule 1, když získal místo u Williamsu. Vůbec se mu ale nedařilo, podával dost nevyrovnané výkony a na konci sezony ho nahradil Jenson Button. Vrátil se tedy do USA, kde v roce 2001 podepsal s týmem Mo Nunn, ale ani tady to zdaleka nebylo ono. Šanci na nejlepší výsledek sezony měl Alex v Německu v závodě American Memorial 500, ale právě tady přišla jeho osudová havárie.
Zanardi vedl závod a třináct kol před koncem zamířil do boxů. Při návratu z boxu na trať ale roztočil auto přímo před Kanaďanem Patrickem Carpentierem, který se ještě dokázal vyhnout, ale za ním jedoucí Alex Taglinani už to nestihl, narazil do boku Zanardiho auta a v podstatě ho rozpůlil.
Zanardi zůstal naživu jen díky včasnému zásahu lékařů. Následovala série operací a náročná rehabilitace. Alex však pořád myslel na závodění a po věčnosti v nemocnici navrhl vlastní protézy, které mu měly umožnit návrat za volant, protože standardní mu nevyhovovaly.
V roce 2003 se vrátil na okruh v Lausitzringu a dokončil těch třináct kol, která mu o dva roky dříve zbývala. Jeho prvním startem po nehodě byl závod cestovních vozů v Monze, kde se speciálně upraveným BMW dojel sedmý. V roce 2005 si připsal první vítězství v sérii a na konci sezony se stal také italským mistrem.
Před koncem kariéry v roce 2009 získal ještě vítězství v Istanbulu v roce 2006 a v Brně v letech 2008 a 2009. Za tenhle návrat si vysloužil uznání celého světa.
Zanardi se od své nehody také intenzivně věnuje handcyclingu, na Olympiádě v Londýně v roce 2012 získal hned dvě zlaté medaile.